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结算审核是以施工合同为主，一个施工合同开展一次结算审计。竣工决算审计是以立项文件为依据，一个立项文件开展一次竣工决算审计。

竣工决算审计依据《审计法》和审计署发《基本建设竣工决算审计工作要求》进行，基建审计内容为 ：竣工决算编制依据、项目建设及概（预）算执行情况、建设成本、交付使用资产、尾工工程、结余资金、基建收人、投资包干结余、投资效益评价。 

主要根据国家的审计法和相关规定，对建设项目竣工决算进行审计，主要审查概（预〕算在执行中是否超支，超支原因，有元隐匿资金；隐瞒或截留基建收人和投资包干结余、以及以投资包干结余名义分基建投资之类的违纪行为等等。 

2审计范围不同

结算审核的范围是对合同工程管理全过程进行审查，确定结算书编制（含建筑安装工程投资、设备投资）的真实、完整、准确性。决算审计的范围除工程管理外，还要对财务管理进行审计，确定决算书编制（含建安投资、设备投资、待摊投资分摊）的真实、合法、效益性。决算审计应包含本工程的所有合同段或标段。

3审计的内容不同

竣工决算审计的内容主要审查竣工财务决算报表、说明、会计帐目、凭证及相关的结算、合同、图纸、签证等。结算审核的内容主要审查结算、合同、图纸、签证等。