三氟化硼乙腈是一种活泼性很强的催化剂,用于多种有机合成。在制药工业(在医药上作为生产抗生素的专用催化剂)、化学工业等行业中都有不同程度的使用,尤其在头孢抗菌药类,效果优于三氟化硼乙醚络合物,亦用于科学,如高能燃料的提取及提取同位素b10,也可用作化学试剂。