商业保理公司转让的主要方式有以下两种：
内部股权交易：将股权转让给现有的股东，通常只需要依法变更公司章程、股东名册以及出资证明书即可。
外部股权交易：将股权转让给其他投资者，除了变更公司章程、股东名册以及出资证明书以外，还需要到工商部门变更登记。