1农药的生产通常是非连续性的，进水的波动较大，生产出最终产品需要经过很多步的合成过程。

2废水中含有很多不同种类的化学物质，其化学结构和性质差异很大。

3很多污染物的溶解度很低，阻碍或抑制微生物菌群，因此对降解过程有拮抗和毒害作用。

4盐度较高，一般情况下可达到15-45g/l，因其高渗透压减少了活性污泥的营养摄入。

但是通过现代生物技术的应用中这些污染物也能被非常有效地降解，在实际运用中以下因素应充分考虑到：

1存在一定量的特殊活性的微生物菌群。

2有效和稳定的生物降解所需要的微观环境，其参数可通过实验确定，一般来说生物降解可在好氧、缺氧和厌氧的环境下进行。

3生物反应池。

4对相关生物菌群的容纳和保护，防止其流失。有些微生物菌群的繁殖速度慢，容易被污水带出反应器，从而导致生化反应过程不稳定。

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