公司亏损转让债务应该由转让后的法人承担。法律规定公司转让时应该向登记机关进行登记并公告，其原本公司的权利和义务由转让后的法人承担。拥有债务的公司，应当先通知债权人，并征求其同意，才可以转让，否则转让对债权人无效，原公司仍要承担债务。双方有协议的，可以按照协议履行责任，没有协议或协商不成的可以上诉法院。