首先要防止传染病病菌的排放和对环境的污染，受传染病原菌污染的污水应与其他污水分开，根据《医院污水处理工程技术规范》(H12029--2013) 中要求传染病房废水应进行预消毒处理，乡镇卫生院应在传染楼地下室建设预消毒池，预消毒池采用消毒工艺为臭氧消毒，消毒时间不小于30min。工艺流程图见图。
预消毒处理工艺流程图
新建卫生所污水处理设备 ②特殊废水
特殊废水主要为诊疗、化验过程产生的含氰、含汞、酸性废水，乡镇卫生院运营期不产生含重金属离子的废水和含有放射性废水。由于诊疗、化验过程中使用的药剂较少，特殊废水产生量较少，因此，乡镇卫生院不再新建特殊废水处理站，产生的特殊废水由各科室收集至收集桶内，根据废水性质不同采用不同处理方式自行处理，处理后的污水进入医院污水处理站进行处理。