肽核酸PNA合成

 肽核酸（Peptide nucleic acid；PNA）是一种与DNA和RNA相似的化学物质，可经由人工合成制造，用来作为生物学研究或是医学治疗。地球上已知的生物并未发现任何体内拥有PNA的个体。

    PNA的骨架是由重复排列的N-2-(氨乙基)-甘氨酸（N-(2-aminoethyl)-glycine）单位，经由肽键所组合而成，且碱基与骨架之间是以亚甲羰键相连。与多肽链相似的是PNA也有N端（氮端）与C端（碳端）的差别。
    由于PNA没有如DNA或RNA上的磷酸基团，因此PNA与DNA之间缺乏电性相斥的现象，使两者之间的结合强度大于DNA与DNA。肽核酸基团构象不同于普通核酸, 不易被蛋白酶或者核酸酶水解，且碱基配对特异性极强，热稳定性高。
    明皓生物由自主合成的肽核酸单体进行肽核酸链的偶联，合成成功率高，产品纯度稳定，产品结构有保证。为提供客户终产物的HPLC和MS检测报告。可根据客户要求定制合成肽核酸链，包括肽核酸的生物素、荧光等的修饰。

PNA设计

请遵循以下原则来设计PNA片段：

   1.结合特性。虽然从理论上讲，PNA可以从两个方向来和目的片段形成杂交体，但实际上，Zui常见的是反向结合（ anti-parallel orientation）。PNA的N末端相当于寡核苷酸的5'端，因此也经常被称为PNA的5'端。和普通的DNA/DNA杂交体相比较，PNA/DNA具有较高的Tm值。一般而言，在100mM NaCl的条件下，每个碱基对的Tm值会升高大约1°C。

   2.长度。由于PNA具有很高的亲和力（higher affinity），因此不需要设计很长的序列，一般而言12-18个已经足以满足需要，这和其他常规25-40个寡核苷酸探针有着巨大的区别。我们必须要记得，序列越短，则其特异性就越高。对PNA而言，有时更短的序列也会达到预期的效果。反而长的PNA会发生聚集沉淀（aggregate），而影响下游的纯化和分析。

   3.嘌呤含量。嘌呤含量高的PNA，特别是鸟嘌呤G,也容易发生聚集沉淀（aggregate）。所以，在任何10个连续的PNA单体中，不要有6个或者更多的嘌呤出现。因此，从这意义上讲，越短的PNA序列，那么就越不需要担心设计上出现问题。

   4.自身互补。尽量来防止自身互补（Self-complementarity）的发生。在序列设计上，避免反向重复（inverse repeats），发夹结构（hairpin forming），和回文序列（palindromic sequences）。

PNA相关知识

1.溶解性（Solubility)。PNA通常很容易在水中溶解（可达几百uM)。但是一些特殊的序列或者经过修饰的PNA，会出现溶解性降低的现象。此时需要参照以下的方法：
    a)在60°C中加热大约10分钟。
    b)加入0.1% TFA或者10-20%的乙腈，或者其他的有机溶剂，例如（DMF,NMP等）。

2.保存（Storage)。虽然PNA在常温下非常稳定，但是我们还是建议将PNA在4°C中保存。
    a)100nmol的PNA一般很容易在1-2毫升的水中溶解。
    b)我们建议分装一下。每个分装后的PNA可以在每次使用前稀释在适当的缓冲液中。
    c)如果需要在零下20度长时间保存的话，请将PNA冻干保存。
    d)也可以将PNA溶解后在零下20度长期保存，而不会对PNA的效用有任何的影响。这种方法特别适用于嘌呤含量高的短PNA。
    e)我们建议用聚丙烯或者聚乙烯的试管来保存PNA，而不是使用玻璃或者聚苯乙烯的管子。

3.缓冲液选择
    a)用于DNA。PNA/DNA杂交体的Tm和离子强度没有关系，因此，即使在较低的离子浓度下，PNA也可以非常有效地结合到DNA。
    b)如果用于RNA,低盐条件会有助于RNA三级结构变性，从而使得PNA更容易和RNA杂交。

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