黄芩为多年生直立草本。根略呈圆锥形,主根粗壮,外皮暗褐色,内部黄色。茎丛生,高20~60厘米,呈四棱形,基部伏地,木质化。上部直立,多分枝。叶对生,表面具细柔毛,披针形,长 1~3厘米,宽0.3~1厘米,全缘,表面深绿色,叶背面散布腺点。总状花序顶生,花通常偏于一侧,花冠蓝紫色,先端分裂呈二唇形,雄蕊四,稍露出,子房四,深裂,生于环状花盘上,小坚果四枚,黑色近球形